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Text File  |  1995-03-04  |  1.8 KB  |  40 lines
  1. **************************************
  2. * TFIIS zinc ribbon domain signature *
  3. **************************************
  4.  
  5. Transcription factor S-II (TFIIS) [1] is  a  eukaryotic protein  necessary for
  6. efficient  RNA polymerase II  transcription elongation, past  template-encoded
  7. pause sites.  TFIIS shows  DNA-binding  activity only  in  the presence of RNA
  8. polymerase II.  It  is  a  protein  of about 300 amino acids whose sequence is
  9. highly conserved in mammals,  Drosophila  and yeast (where  it was first known
  10. as PPR2, a transcriptional regulator of URA4, and then as DST1, the DNA strand
  11. transfer protein alpha [2]).
  12.  
  13. Two viral proteins also belong to this family:
  14.  
  15.  - Vaccinia virus RNA polymerase 30 Kd subunit (rpo30) [3].
  16.  - African swine fever virus protein I243L [4].
  17.  
  18. The best conserved region of all  these proteins  contains four cysteines that
  19. bind a zinc ion and fold in a conformation termed a 'zinc ribbon' [5]. Besides
  20. these cysteines,  there  are a number of other conserved residues which can be
  21. used to help define a specific pattern for this type of domain.
  22.  
  23. -Consensus pattern: C-x(2)-C-K-x(4)-[ST]-x(3)-[LIVM]-Q-T-R-[STA]-x-D-E-P-x(6)-
  24.                     C-x(2)-C
  25.                     [The four C's are zinc ligands]
  26. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  27. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  28. -Last update: October 1993 / Text revised.
  29.  
  30. [ 1] Hirashima S., Hirai H., Nakanishi Y., Natori S.
  31.      J. Biol. Chem. 263:3858-3863(1988).
  32. [ 2] Kipling D., Kearsey S.E.
  33.      Nature 353:509-509(1991).
  34. [ 3] Ahn B.-Y., Gershon P.D., Jones E.V., Moss B.
  35.      Mol. Cell. Biol. 10:5433-5441(1990).
  36. [ 4] Rodriguez J.M., Salas M.L., Vinuela E.
  37.      Virology 186:40-52(1992).
  38. [ 5] Qian X., Jeon C., Yoon H., Agarwal K., Weiss M.A.
  39.      Nature 365:277-279(1993).
  40.